Après avoir déjoué un attentat terroriste à la gare de hauptbahnhof à berlin lors de lapothéose de la saison 5, la saison 6 reprend plusieurs mois plus tard, après la récente élection du nouveau président des États-unis.
carrie mathison est de retour sur le sol américain, vivant à brooklyn, ny, et travaillant dans une fondation qui fournit de laide à la communauté musulmane vivant aux États-unis.
alors que son mentor saul berenson et dar adal se préparent pour le nouveau président élu, quinn, qui sest accrochée à la vie à la fin de la saison dernière, est en convalescence aux États-unis.